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5美元的烤箱里的生活曙光

一个自制的实验室设备如何重现早期地球上的化学进化。

上帝还不如从烤面包机开始呢。几年前,在一次旧货拍卖会上,尼古拉斯•哈德(Nicholas Hud)发现了一个不错的选择:约翰尼•邦坦普斯(Johnny Bontemps)的葡萄酒

G上帝就像从烤面包机烤箱开始一样。几年前,在一次旧货拍卖会上,尼古拉斯•哈德(Nicholas Hud)发现了一个不错的候选者:一辆通用电气(General Electric)的老式车型,镀铬镶木镶板,放在一个发黄的旧盒子里,几乎没有使用过。他想,这是烹制生命化学前体的完美器具。他花了5美元买的。

在家里的地下室里,在上大学年龄的儿子的帮助下,他在烤箱背面切了一个长方形的洞,通过这个洞,一个自动滑动台(从一个旧文件扫描仪回收来的)可以把一托盘的实验品移进移出。然后,他在喷墨打印机的一些部件上安装了一个注射器泵,并定期将水滴到喷墨打印机的托盘上。

现在,这个装置放在哈德在佐治亚理工学院实验室的工作台上,哈德在那里领导化学进化中心,这是一个由美国宇航局和国家科学基金会资助的多所大学的联盟。在过去的二十年里,他一直在寻找能够解释地球上生命起源的化学配方。当科学家们在20世纪50年代开始研究生命的分子起源时,他们认为第一个生物分子是由原始化合物的汤自发形成的:正确的成分在正确的条件下、正确的时间的幸运结合。哈德和他的同事们现在发现,生命的火花可能是逐渐产生的,不是偶然的,而是经过长期的化学进化。

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告诉我如何拒绝

在2004年的电影《美丽心灵的永恒阳光》(Eternal Sunshine of the Spotless Mind)中,金·凯瑞(Jim Carrey)饰演的心碎男子在与凯特·温丝莱特(Kate Winslet)饰演的前女友痛苦的分手后,接受了实验性治疗,以抹去对她的记忆。电影上映时,……阅读更多

烤面包机是他最新的探索。它模拟了凉爽炎热,潮湿和干燥的循环,HUD嫌疑人跳跃了这个进化过程,在出现了第一个蜂窝生命形式之前数百万年。它模仿露水在晚上凝结,并用日出蒸发;雨水灌装和干燥;沿海泻湖洪水和潮汐排空。HUD称之为“昼夜机器”。

在去年的春日,他和我在家庭设备周围蜷缩着,看着它的工作。注射器在烤箱外,在滑动托盘上的陶瓷板上将几滴水送入六个井中。为了这个演示的目的,井是空的;在实验期间,它们含有简单分子或单体的混合物,如认为已经存在于早期地球上的那些。托盘消失在烤箱中,密封它关闭。随着温度升至185华氏度(85摄氏度),水蒸发 - 第一天。几分钟通道,托盘滑出。井凉爽,水滴,和托盘 - 第二天。

即使科学家可以在试管中锻造RNA或其他基本聚合物,结果也不会揭示其真实起源。

进化需要两种力量:变异和选择。当一堆单体干燥时,脱水会促使它们结合在一起,形成称为聚合物的链。然而,如果再把混合物弄湿,其中一些化学键就会断裂。换句话说,这个过程是可逆的。聚合物可以形成、分解,并以新的构型再次形成。这是变异。最终,一些聚合物可能会偶然发现一个优势。例如,它们可能会折叠成防止它们过快分裂的形状。这是选择。“它们可能是进化的第一批幸存者,”哈德说。

他推测,在原始地球上的数百万个循环中,一些幸存者获得了其他优势,比如催化反应的能力。它们开始相互作用和合作,形成原始的化学网络。迟早,一些网络开始自我复制并获得了保护膜。那时生命开始了,生物进化接过了指挥棒。细胞样囊产生原核生物(细菌和古细菌),产生单细胞真核生物(原生动物、黏菌和藻类),产生多细胞生物(植物和动物),最终产生我们人类。

如果哈德是对的,我们旋转的星球就是启动这一切的巨大机器。

它给生活带来了美好的东西:佐治亚理工学院的化学家尼古拉斯·哈德偷换了一个旧烤面包机烤箱来研究生命的化学起源。 约翰尼Bontemps

一种生命依赖于两种聚合物:蛋白质,它执行新陈代谢的基本任务;以及储存遗传指令并传递给后代的核酸(DNA和RNA)。在1953年的一次著名实验中,化学家斯坦利·米勒和哈罗德·尤里证明,这些基本分子的许多组成部分,在年轻的地球上,不需要生物过程的帮助,仅通过化学就可以组装起来。通过电火花对四种原始化合物——甲烷、氨、氢和水——的混合物产生氨基酸,这是蛋白质的基本单位。使用类似的方法,研究人员后来创造了一些化学字母,称为碱基,构成遗传密码。

然而,这些简单的单体首先将自己缝合成聚合物,是任何人的猜测。在细胞中,蛋白质进行制造和复制DNA的复杂作业,而DNA为建筑蛋白质提供蓝图。鉴于这种鸡蛋悖论,一些研究人员提名RNA,其中将来自DNA的信息作为第一生物聚合物。也许这个Messenger分子在进化依次提出这些角色之前表现了蛋白质和DNA的职责。在20世纪80年代,化学家Thomas Cech和Sidney Altman表明,这种情况确实如此。独立工作,他们发现一些RNA可以催化蛋白质所做的化学反应,表明古代分子可以复制自己。

但到目前为止,科学家们还未能在生物起源的条件下重建RNA。他们最接近的一次是在2009年,当时曼彻斯特大学的约翰·萨瑟兰(John Sutherland)领导的一个团队在杂志上发表了一份食谱自然从头开始合成RNA的基本单位:一个附着在糖磷酸上的碱基,它们一起形成一个核苷酸。这可能是因为RNA过于复杂,如果没有蛋白质的帮助,它是无法自发组装的。哈德和其他人说,如果这是真的,它一定是从一种更原始的聚合物发展而来的。

HUD将RNA与Stradivarius小提琴进行比较:完美的仪器。“但是你不会开始制作Stradivarius,”他说。“你开始用棍子用一块绳子拿起一根绳子并将它伸入弓。这就是我如何看待RNA - 作为一种漫长的分子的后代,即进化为给我们这个完美的分子......聚合物的巅峰。“即使科学家可以在试管中锻造RNA或其他基本聚合物,结果也不会揭示其真实起源。像Frankenstein博士的怪物一样,缝合的创作毫无谈论妨碍了他们数百万年的象征的进化过程。

“作为人类,我们一直都有意识,我们想知道生命从何而来。如果我们能编出一个科学上可信的故事,那就太棒了。”

因此,哈德的团队转而专注于寻找RNA的祖先——行为类似但更容易在生命起源环境中组装的分子。这项研究始于十年前,当时列出了一份清单,上面列出了100种结构上与RNA碱基相似的单体。在不同条件下测试了几十名候选人后,研究人员终于取得了突破。在2013年的一篇论文中,他们报道了两种单体,三氨基嘧啶(TAP)和三聚氰酸(CA),组装成环状,相互堆叠,形成了大约和基因一样长的链。

在后续的研究中,研究小组发现TAP可以很容易地与糖结合(这是一个非常困难的步骤),从而产生一种类似部分核苷酸的化合物。当加入CA时,这些准核苷酸也组成了类基因链。但这些并不是真正的聚合物。与实际的RNA核苷酸不同,RNA核苷酸像细绳上的珠子一样被缝在一起,这些单元只是像磁铁一样松散地结合在一起。

然而,这个结果仅仅是个开始。如果像TAP-CA链这样的结构是rna的原型——最初的原始工具——那么它们是如何成为杰作的呢?

H乌德的办公室里装饰着许多受原始故事启发的场景。一面墙上是米开朗基罗的复制品亚当的创造。另一幅是印度神毗湿奴(Vishnu)的画像,他栖息在原始的“牛奶之海”上,而阿兹特克人的创造者披羽蛇神(Quetzalcoatl)则被想象成一条长着羽毛的蛇。“作为人类,我们一直都有意识,我们想知道生命从何而来,”Hud若有所思地说。“如果我们能编出一个科学上可信的故事,那就太棒了。”

哈德来自洛杉矶,他的父亲是乳品行业的质量控制检查员。他的母亲是一名护士,也是一名虔诚的基督徒,让他在天主教学校学习了16年。但他的爱好是科学。1989年,当切赫和奥尔特曼因发现RNA的蛋白质样能力而获得诺贝尔奖时,他正在加州大学戴维斯分校攻读生物物理学博士学位。“所有人都在谈论这个,”Hud回忆道。他迷上了。

1999年,他加入了佐治亚理工学院的教师,他开始调查地球周期湿润,炎热,炎热,寒冷,日夜的可能性,促使生命的聚合物的创造。在20世纪70年代,少数生命起源的化学家包括斯坦利米勒,试图通过在大型烤箱中的手表眼镜上干燥它们的组件,然后用手补充它们来生产蛋白质和DNA。但他们的成功一点。最终,随着研究人员开始在当地人寻找生活的起源而不是干燥的水坑,如海底的水热通风口,从未使用过使用的方法 - 从未使用过使用。

哈德说,生命和进化的引擎可以简单到“一颗行星在一颗恒星前旋转”。

然而,哈德认为米勒和他的同辈人走在正确的道路上。他意识到,干湿循环可以通过解决所谓的“水悖论”来诱导聚合物的存在。作为一种溶剂,水对生命至关重要:它促进化学反应,帮助运输营养物质和废物。但是为了制造生命的聚合物,你必须去除水。如果没有精密的细胞机制将它们连接在一起,蛋白质和核酸就无法在细胞的水环境中结合。因此,第一个类似生命的分子必须同时需要水分和干燥。

哈德决定在他的前辈们没有完成的地方开始试验。但他们手工润湿和干燥单体的方法过于繁琐。Hud回忆道:“很快,每天做两个以上的运动就变成了一件麻烦事。“假设我们想尝试50次,那将花费将近一个月的时间!”

就在那时,他决定建造一个昼夜两用的机器。他修改了几项设计,其中一项设计涉及熨斗和披萨锅。另一种设计将机械臂安装到PCR仪上,PCR仪是一种常用的实验室工具,利用温度波动来复制DNA。在他们第一次成功的实验中,他和他的团队用这种方法一次又一次地对单体进行润湿和干燥,从而生长出称为羟基酸的原始化合物链。这些周期就像一个棘轮。当PCR仪加热羟基酸和水的溶液时,一些单体在干燥时结合。当它们冷却后,水又回来了,一些化学键存活了下来。哈德解释说:“由于温度较低,逆反应会更慢,所以我们不太可能破坏这些键。”“有水进来,也有水出去——来来回回。然而,我们正在朝着一个方向前进——我们正在制造聚合物。” His team published their findings in 2014.

在今年7月发表的一项研究中,他们进一步进行了实验:他们添加了氨基酸。在每一个干湿循环中,当羟基酸结合并长成聚合物时,一些氨基酸就会结合到这些链中,形成类似蛋白质的结构。哈德怀疑类似的过程,可能涉及到RNA的前体,可能在早期的地球上发生过,提供了化学进化的第一步。

加州大学圣克鲁兹分校(University of California in Santa Cruz)的生物物理学家戴维·迪默(David Deamer)没有参与这项研究,他说,这是一个看似合理的场景。他补充说,这个理论更有说服力,因为Hud的团队能够“不借助任何化学技巧”证明聚合物的形成。

但迪默和其他人指出,要想让这个故事真正畅销,科学家们必须证明干湿循环不仅可以构建聚合物,还可以选择充当催化剂的分子。哈德的团队只经过20次循环就创造出了类似蛋白质的链条。在数百或数千个循环之后,一些链条会开始以新的方式扭曲自己吗?它们会不会形成形状完美的口袋来捕获另一个分子,就像手套适合手一样?它们会帮助这个分子与其他分子反应,从而协调生命所必需的化学反应吗?

为了回答这些问题,HUD将转向他的烤箱,这提供了通过PCR设置的几个优势。程序更便宜,更简单,使学生们可以轻松运行实验。而且它是多才多艺的。虽然PCR机器迫使它们在微小的塑料管中测试解决方案,但烤面包机允许更大的液体和各种表面。“我们可以把任何类型的物体放在托盘上,”Hud说。“我们可以自由地使整个表面模仿岩石,”一个可能的生命的出生地。在接下来的几个月里,他计划使用烤面包机来加速日夜周期的数量。“目标是做100多到几百周期,”他说。

卡内基研究所的矿物学家罗伯特·哈森说,如果哈德的团队能够将它们从单体循环到催化剂,“这显然是一种可行的机制。”如Hud所言,生命和进化的引擎可能就像“一颗在恒星前旋转的行星”一样简单。


约翰尼·邦坦普斯(Johnny Bontemps)是纽约布鲁克林的一位科学作家。


这篇文章最初发表在2015年8月的《暗物质》杂志上。

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