事实如此浪漫

生物学家发现他们找不到的动物的聪明方法

华盛顿国家动物园的恶魔 Brian Gratwicke在Flickr上说

W世界上没有比“地狱本德”更奇怪的了,它是一种有褶边的、吞噬小龙虾的蝾螈,大约有小短吻鳄的长度,其奇怪的别名包括“鼻涕虫”、“魔鬼狗”和“grampus”。这种巨大的两栖动物在美国东部的岩石河床上爬行,或者至少是这样,直到农业、森林砍伐和水坝破坏了它的水质和栖息地。这些天,科学家们不确定鼻涕獭还在哪里游荡。

洛约拉大学的生物学教授安迪·亚当斯说:“它们喜欢躲在大岩石下,它们是夜行动物,它们能完美地融入水底。”他在自己上大学之后就没见过地狱兽了。“即使是研究它们的人也很少看到它们。”

这种生物的稀缺性和隐秘的习性使保护工作陷入了两难境地。这些机构怎么能保护地狱之神连他们身在何处都不确定?答案是:环境DNA,或称eDNA,这是一项革命性的水生生物学科学技术。

几十年来,寻找鼻涕水獭需要科学家们花很长时间在河床上爬行和翻动岩石——这种方法很费力,对蝾螈有破坏性,而且充满了不确定性。相比之下,eDNA对研究人员和实验对象都非常方便:只需将几夸脱的水带回实验室,测试目标生物的DNA痕迹,这些DNA可能来自脱落的皮肤、生殖材料,甚至粪便。你不必再亲眼看到一个活生生的御狱者,就知道他们还在坚持;相反,找到一个分子指纹就足够了。

今年秋天,亚当斯和萨斯奎汉诺克野生动物协会开始使用eDNA在马里兰州的萨斯奎汉纳河及其支流寻找地狱魔——这是五个州努力确定这种神秘生物数量状况的一小部分。史密森学会野生生物学家金伯利·特雷尔(Kimberly Terrell)负责协调这项广泛的研究,她说:“我们不仅试图弄清楚地狱魔在哪里存在,还想弄清楚它们的数量。”“使用这个工具,我们能在多大程度上真正估计丰度?”

用eDNA追踪到的物种远不止地狱魔。这项技术自2008年以来一直被用于检测动物,从意大利冠蝾螈到大鳞大麻哈鱼最著名的是亚洲鲤鱼,这种破坏性的入侵鱼类已经把中西部的一些河流变成了鱼的战区.科学家们已经转向eDNA来追踪入侵者的前进。“它就像一个烟雾探测器,”自然保护协会的水生生物学家林赛·查德顿说。“这是我们的第一个迹象,表明那里有东西。”

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野生动物生物学家洛里·威廉姆斯和苏·卡梅隆用传统的方式寻找地狱魔。 Gary Peeples /美国鱼类和野生动物管理局

尽管如此,传统的eDNA技术仍然是相当生硬的工具。环境DNA调查依赖于聚合酶链反应(PCR),这是一种将DNA片段的几个拷贝扩增到几百万个拷贝的方法。PCR是分子生物学中最重要的方法之一,是一种非常基础的方法它为卡里·穆里斯赢得了诺贝尔奖(至少是受到了启发一首真正美味的歌曲).但当涉及到鉴定eDNA时,传统的PCR(又称端点PCR或ePCR)有一个缺点:它不能轻易地告诉你如何DNA到处都是。这也不是那么敏感:一些已知的亚洲鲤鱼栖息地负面的测试他们的遗传物质。

这种不精确会引起争议。去年,人们在密歇根湖发现了亚洲鲤鱼的DNA,这对州和联邦机构来说是一个长期以来的噩梦,他们担心亚洲鲤鱼会排挤当地居民。但是,虽然查德顿怀疑这些样本来自活鱼,但其他科学家相信遗传物质可能来自间接来源——可能是一缕鸟粪,也可能是一艘渔船的船壳。这些都不是不可能的情况:一项研究发现,鲤鱼的DNA可以在粘液或鹰的粪便中存活长达一个月

幸运的是,一种新的替代传统PCR的方法,称为定量PCR或qPCR,可能有一天会解决问题。qPCR允许科学家在扩增过程发生时跟踪,而不是在周期完成后;通过实时观察扩增,研究人员可以获得关于样本中DNA数量的宝贵信息。“eDNA本质上是间接的,你只是在推断一个有机体是否在这里,”诺特丹大学研究入侵物种基因检测的博士生卡梅伦·特纳说。“但qPCR至少提供了一个更明确的答案的可能性。”

这种可能性吸引了像特纳这样的研究人员,本月早些时候,他发表了一份具体的研究报告qPCR测试亚洲鲤鱼。当他将qPCR和传统PCR进行比较时,他发现新方法发现池塘中鲤鱼的可能性增加了22倍。另一个方法上的调整使特纳能够在水中检测到5倍多的DNA。这些改进可能最终有助于解决像五大湖这样的问题。特纳说:“现在我们可以测量DNA的数量,我们可能能够建立一些阈值,让我们说,好吧,在这些水平上,可能有活的有机体。”

安迪·亚当斯的苏斯克哈纳河样本也将用qPCR进行处理被证明是有效的和鲤鱼一样。亚当斯和他的团队在今年秋初调查了三条支流,当时正在产卵的鼻涕水獭将精子和卵子填满了小溪。在过滤了河水以捕捉生物材料之后,亚当斯把纸过滤器卷起来,放入装有防腐剂的小瓶中,然后把它们运到布法罗州立大学的实验室进行分析。亚当斯说:“了解这个州的地狱魔王在哪里将是一件大事。”

尽管qPCR可能很强大,但它也有其局限性。例如,知道一条河中有多少地狱魔,并不能回答关于人口健康或栖息地质量的重要、更细微的问题。金伯利·特雷尔说:“你可能会有一条退化的、低质量的河流,只有几只动物挂在上面,或者你可能会有一条干净的河流,人口健康,自然密度低。”“eDNA可能无法区分这两种情况。”就目前而言,一些问题最好的答案仍然是老式的岩石投掷。


Ben Goldfarb是西雅图的环境记者和通讯员高国家新闻.他微博@ben_a_goldfarb

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